Описание тега encfs
Если приложение является портативным и не зависит от того, как он был упакован или распределенной. Как правило, вы можете установить другую версию приложения через apt-получить (в Ubuntu РЕПО) и они сосуществуют, если они не могут, вы будете уведомлены при установке второе, что вы должны удалить первое, чтобы установить второе. Пакеты, установленные через apt-получить, как правило, хранят свои бинарники в /usr/bin и их конфигурационные файлы в скрытые папки (папок, начинающихся с точки) на вашем домашнем каталоге, вы можете увидеть их, нажав клавиши Ctrl-ч
в файловый менеджер в ваш домашний каталог.
Если мы пойдем в конкретном случае Eclipse, то вы можете сделать это, как вы делаете в Windows, вы всегда можете скачать Eclipse с их сайта (не с Ubuntu РЕПО) и сохранить ее в папку, и она будет хранить все свои настройки и данные в этой папке.
проверьте страницу загрузки затмения (для Linux)
http://www.eclipse.org/downloads/
Он будет скачать сжатую папку, которую вы распакуете и может непосредственно выполнить двоичный файл внутри папки.